C'est un organe consultatif de réflexion et de proposition à caractère académique. Il définit l'orientation de l'université aux plans scientifiques, pédagogique et de recherche.

Ses missions :

C'est un organe consultatif de réflexion et de proposition à caractère académique. Il définit l'orientation de l'université aux plans scientifiques, pédagogique et de recherche. A ce titre :

• il propose des politiques de recherche, de documentation scientifique et technique ainsi que la répartition des moyens de recherche ;
• il propose la création et l'affectation des postes d'enseignement et constate les vacances de postes ;
• pour pourvoir aux postes vacants, il présente une liste des candidats classés par ordre de mérite et au regard des besoins ;
• il propose la création des nouveaux départements et la suppression de ceux dont le maintien n'est pas nécessaire ;
• il propose la création ou la modification des diplômes ;
• il délibère sur les programmes de formation et est saisi de tout problème pédagogique et de recherche ;
• il délibère sur les programmes et les contrats de recherche ainsi que les modalités d'évaluation de ces programmes.

Sa composition :il se compose comme suit :
- le président de l'Université, président ;
- le vice-président chargé des Enseignements et des innovations pédagogiques, 1er vice-président ;
- le vice-président chargé de la Recherche et de la Coopération internationale, 2ième vice-président ;
- le vie-président chargé de la Formation professionnel et des relations université-entreprises, 3ième vice-président  - les directeurs des UFR et les directeurs des instituts et/ou écoles autonomes ;
- deux (02) enseignants de rang A ou deéfaut de rang B par établissementLe conseil scientifique peut convier à ses réunions, à titre consultatif, toute personne dont les compétences sont jugées utiles.

Son mode de fonctionnement :Le conseil scientifique se réunit en séance ordinaire deux (2) fois par année académique sur convocation de son président ou en session extraordinaire à la demande d'au moins un tiers de ses membres.

Les décisions du Conseil scientifique sont prises par consensus, é défaut, par vote. Dans ce cas, la décision est acquise à la majorité simple. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.