L'organisation et le fonctionnement de l'Université de Koudougou sont régis par un statut approuvé en conseil de Ministre par le DECRET N°2005-564/PRES/PM/MESSRS/MFB portant approbation des statuts de l'Université de Koudougou.

Les structures administratives et techniques de l'Université de Koudougou sont:

• Le Conseil d'Administation (CA)
• Le Conseil de la Formation et de la Vie universitaire (CFVU)
• Le Conseil Scientifique (CS)
• La Présidence
• Des services centraux et rattachés
• Les établissements d'enseignements, de recherche et/ou de formation professionnelle.

L'organigramme de l'Université de Koudougou peut être illustré par le schéma suivant: